VS2008 SP1でLinq To SQLを使用し作成したhoge.dbmlに、hoge.csを追加したところ、
hoge.designer.csが消去され、ビルドも実行もできなくなりました。
結論から言うと、VS2008 SP1 のバグらしい。
SP1から上げたくない場合など、どうやって直したらいーのよ！！ってなって色々調べたので覚え書き。
hoge.csのusingの設定をnamespaceの後ろに入れれば良いらしいです。
namespaceの後に移動して、hoge.dbmlを開いて見たら、hoge.designer.csが作成され、warningが消えました。
http://blog.unidev.com/index.php/2008/09/02/the-custom-tool-mslinqtosqlgenerator-failed-unspecified-error/
http://blog.yesnobox.com/post/Linq2Sql-The-custom-tool-e28098MSLinqToSQLGeneratore28099-failed-Unspecified-error.aspx
